Acabó en la undécima posición, igualando la que alcanzó en las temporadas 1944-45 y 1945-46, si bien por entonces la competición la disputaban catorce equipos y ahora lo hacían dieciocho. Los años 1980 fueron una de las mejores épocas para el club murciano, al estar presente en Primera División en seis temporadas. Fue el primero de una serie de tristes sucesos para el club murciano que se sucedieron durante los siguientes años. El 9 de junio de 1991, tras liderar la Segunda División durante 35 jornadas consecutivas, una derrota en la última jornada ante el Deportivo de la Coruña relegó al equipo a la tercera posición. Aun así, las cosas fueron bien en lo deportivo y logró el ascenso a Segunda División. La polémica fue tal que miles de personas salieron a las calles de Murcia a protestar contra la decisión y acudieron a manifestarse frente a la sede de la Liga el día que debía ratificarse la decisión, por entender que existía un trato más gravoso hacia el Real Murcia frente a otros clubes que se encontraban en similar situación a la del Real Murcia sin haber sido castigados con la misma dureza que el club pimentonero, y el trato discriminatorio frente a lo que años antes se hizo con Celta y Sevilla y achacaban la misma a la mala relación entre el presidente pimentonero, Jesús Samper y el de LaLiga, futbol camisetas Javier Tebas.
Desafortunadamente, solo un día antes de que se cierre la ventana de transferencia, Michael revela que descubrió que el trato con el Real Madrid era una estafa, y que nunca estuvieron interesados en que se uniera a su equipo. En 1952 dejó la presidencia del club Agustín Virgili, que se había mantenido en el cargo desde 1943. El equipo participó en Primera División en la temporada 1955-56 y nuevamente volvió a descender ese mismo año, circunstancias por las cuales era denominado en la jerga periodística como Equipo Ascensor. Tras acabar liderando de forma destacada la Segunda División, el equipo regresó a Primera División. La temporada siguiente intentó regresar a Primera División, jugando la promoción de ascenso contra el Fútbol Club Barcelona, la ocasión en la que más cerca ha estado el club azulgrana de perder la categoría a lo largo de su Historia. Consiguió clasificarse en playoffs para el ascenso a Primera División. Peor fueron las cosas en la temporada 1988-89, que comenzó con enfrentamientos entre la prensa y la junta directiva, motivados por los cambios que se estaban efectuando en la plantilla, y acabó con el descenso a Segunda División.
En condiciones normales esto habría supuesto perder la categoría, pero gracias al descenso del Atlético de Madrid que obligaba también al descenso del filial, pampling valencia camisetas el décimo noveno puesto en una liga de veintidós equipos le permitió al Getafe C. F. mantener la categoría. La temporada 1999-2000 concluyó con el ascenso a Segunda División tras un partido jugado en Granada en el que solo le valía la victoria al conjunto grana y que acabó 0-1 gracias a un gol de Aguilar. En la Copa del Rey 2010-2011 se enfrenta en dieciseisavos de final al Real Madrid empatando a cero en el partido de ida a pesar de que jugaban Casillas, Pepe, Sergio Ramos, Cristiano Ronaldo y Benzema gracias a una defensa muy cerrada y a la grada, que apoyó durante todo el partido a su equipo. En la temporada 2008-09, un mal comienzo hizo que el equipo estuviese situado en puestos de descenso durante casi toda la primera vuelta.
Segunda División B, después de una mala temporada, y un penalti en contra en el minuto 93 en el último partido en Gerona, supuso el descenso del Real Murcia. En el minuto 10, Lucas Ocampos se metió en el área donde recibió una infracción por parte de Pervis Estupiñán, el árbitro no dudó y cobró penal. El árbitro tuvo que cortar la jugada al haber dos balones dentro del campo y la jugada quedó invalidada. El equipo logró dos ascensos consecutivos, por lo que en 1973 regresó a Primera División. El 25 de noviembre de 2011 corona su gran campaña consiguiendo el ascenso a la división de honor como campeón y al ganar como local por 2-0 al conjunto recién descendido Atlético Audaz, el cuadro orense no llegó ya que por problemas administrativos el club es suspendido por la FEF por deudas pendientes, partido jugado en el Estadio Bellavista de Ambato. El 29-05-2011 el Real Murcia vuelve a ser equipo de Segunda División a pesar de ser derrotado 1-0 frente al Club Deportivo Lugo ya que en la ida ganó 2-0. Asimismo se proclamó campeón de la Segunda División B al vencer al C. E. Sabadell en eliminatoria a doble partido (1-0 en la ida, 1-0 en la vuelta y 9-8 en la tanda de penaltis).