Por Josefina 
El final de la temporada descendió de categoría, camisetas fútbol baratas consiguiendo el primer puesto del grupo II de Primera Federación en la temporada 2022-23 para regresar a la segunda categoría del fútbol tras un año de ausencia. 3 millones de euros por temporada del cual sólo se cobró 1,8 millones. Al final dicha deuda se canjearía a cambio de dos jugadores del equipo italiano: Stefano Fiore y Bernardo Corradi, que, debido a su valor de mercado superior a la deuda, acarrearía que el club además tuviera que pagar 3,3 millones de euros por hacerse con los servicios de los futbolistas. Durante su etapa de gestión la entidad alcanzó los 200 millones de euros de deuda reconocida, incurriendo en una causa de disolución en junio de 2004 salvada con una operación especulativa con la inmobiliaria Grupo Murcia Puchades, por la cual se le vendía la edificabilidad de una esquina del actual estadio de Mestalla por valor de 18 millones de euros sobre una futura recalificación con los que reducir las pérdidas del ejercicio en vigor y evitar la suspensión de pagos.
Durante esa misma temporada, la sociedad anónima deportiva se vio obligada a realizar traspasos por valor de 51,8 millones de euros para hacer frente a las deudas contraídas. Tras la ampliación de capital, el máximo accionista del club fue la Fundación Valencia Club de Fútbol, que compró (tal como prometió) gracias a un préstamo de Bancaja las acciones no vendidas durante la ampliación. En febrero de 2007 pasó a ser presidente del Pamesa Valencia y director general, debido al traspaso de poderes que Juan Roig efectuó a su favor, dejando el cargo dos años más tarde para volver al Valencia CF, en esta ocasión como presidente. Por otro lado, el 1 de febrero de 2013 el gobierno autonómico valenciano pasó a tener el control accionarial de la Fundación Valencia CF (máximo accionista del club y con el propio Llorente entre sus patronos) al no poder hacer frente al primer pago de los intereses del préstamo que Bancaja otorgó a la Fundación en la ampliación de capital de 2009. Al ser la Generalidad el avalista de este préstamo le correspondió realizar dicho pago con dinero público, y por tanto intervino en la Fundación nombrando nuevos patronos (presididos por Federico Varona) de un perfil más técnico para conseguir financiar a la Fundación, y que así ésta pudiera cumplir con sus pagos y el club no pasara a ser propiedad del gobierno.
17 de febrero de 2009 por impagos al no haberse vendido las parcelas del suelo del actual Mestalla como estaba planificado. Valencia: sin inversores ni acuerdos en la negociación con Bankia para terminar con la deuda y terminar la construcción del nuevo estadio, y con gran parte de la afición en contra y desilusionada por la baja calidad del equipo tras la marcha de los principales futbolistas y la construcción de una plantilla desequilibrada en sus líneas, lo cual provocó en los últimos años un acusado descenso de los abonados y espectadores que acudían a Mestalla a ver al equipo. El despido del entrenador Pellegrino suscitó una grave polémica para el presidente por un doble motivo: en primer lugar por destituir al entrenador que fue una apuesta personal suya, cuando la afición de Mestalla clamaba contra el presidente y los jugadores, no contra el entrenador, y en segundo lugar por el finiquito que había que pagar al entrenador argentino tras su despido, ya que se anunció que su contrato tenía una duración de 2 temporadas pero varios miembros del consejo de administración del club aseguraban que se les informó de que su contrato era de una temporada más otra por objetivos.
En su primera temporada mantuvo en el cargo de vicepresidente deportivo al exfutbolista Fernando Gómez Colomer, pero el 2 de junio de 2010 decide prescindir de sus servicios aludiendo razones económicas para el despido, cosa que el mismo Fernando desmentía. Renunció debido a que en junio de 2010 se unificó con el Cantera Base 1939 Canarias, acordando que fuera este el que ocupara la plaza en LEB Oro y que el Tenerife sirviera como equipo filial y de cantera. La apuesta por el nuevo entrenador fue una decisión particular de Manuel Llorente en contra de las recomendaciones de la directoria deportiva dirigida por Braulio Vázquez que negociaba con el serbio Miroslav Djukic. Ernesto Valverde, esta vez sí asesorado por el director de la directoria deportiva Braulio Vázquez. Le sustituyó como director deportivo el coordinador Braulio Vázquez. Anteriormente trabajó para Mercadona, fue gerente y director general del Valencia CF entre 1995 y 2005, y presidente y directivo del club Pamesa Valencia de baloncesto. Llegó al Valencia CF en 1995 de la mano de Francisco Roig, hermano de Juan y Fernando Roig, para ser el Gerente del club y posteriormente Director general.