La Primera División de España 1998/99 fue organizada por la Liga Nacional de Fútbol Profesional (LFP), aunque la Real Federación Española de Fútbol fue la responsable de la justicia deportiva y de designar a los árbitros de cada encuentro. El Barcelona vuelve a ganar la Liga en un mano a mano con el Real Madrid y el Deportivo de la Coruña. El partido de vuelta se convirtió en un trámite que ganó el Real Madrid 2-1, con un gol de Claudio López en el minuto 85 que sellaba el pase valencianista a la final de Copa. Es el quinto club español con más títulos nacionales (15 campeonatos), por detrás de Real Madrid, FC Barcelona, Athletic Club y Atlético de Madrid. Luego llegó una inseperada derrota por la mínima en Extremadura, pero de nuevo se volvió a la senda de victorias en Mestalla frente al Real Madrid de Hiddink por 3-1 con goles de Angulo y dos de Claudio López, con todo un recital de velocidad del delantero argentino. Madrid (14.º) venciera a domicilio al otro equipo revelación, el Celta que era 4.º. Y así sucedió, puesto que el Atlético ganó 0-1 en Balaídos con gol de Solari, y el Valencia venció 3-0 al Mallorca con goles de Marcelino (pp), Mendieta e Ilie.
Su próximo destino sería el que fue rival en la final, el Atlético de Madrid. Solo quedó tiempo para lamentarse de las ocasiones falladas y para volcarse hacia la portería británica, que al menos encajó un segundo col del Piojo dejando el marcador final en 2-2 pero con el Valencia eliminado. En la ida el equipo hizo un trabajo muy serio y logró un empate a cero, y en la vuelta se adelantó con un gol de Claudio López, pero la mala suerte se alió con los valencianistas y las numerosas ocasiones falladas se tradujeron en dos goles visitantes en los últimos diez minutos (McManaman y Berger). Inició la competición de Copa en octavos de final con un derbi contra el Levante UD de Segunda División B, superándolo fácilmente con un 0-3 en la ida con dos goles de Rubén Navarro y uno de Mendieta y un 1-0 en Mestalla con gol de Angloma.
Una semana después, en Mestalla algunos temían una posible remontada barcelonista, pero rápidamente el Valencia encarriló la eliminatoria con un 3-0 al descanso (dos de Claudio López y uno de Angulo). En dicha eliminatoria, los rojiblancos perdieron la ida 1-0 en Guadalajara, pero lograron el ascenso remontando por 3-0 en el Nuevo Los Cármenes, ganando así por 3-1 el resultado global y logrando ese importante ascenso a la categoría de bronce del fútbol español. Por ello, Australia renunció a la OFC en 2006 y se integró ese mismo año a la Confederación Asiática de Fútbol (AFC), camisetas de futbol 2024 como forma de participar en torneos más competitivos que permitan su desarrollo deportivo. Asociación de Fútbol de Malta Archivado el 22 de junio de 2006 en Wayback Machine. Finalmente, en la asamblea celebrada el 10 de julio de 2009, la Federación española acordó por amplia mayoría -132 votos en contra, ninguno a favor y dos abstenciones- rechazar la oficialidad del torneo. La temporada empezó con la disputa de la Copa Intertoto 1998 entre julio y agosto, competición oficial que el Valencia se tomó muy en serio porque ganarla daba acceso a jugar la Copa de la UEFA. Un total de 7 goles marcó el Piojo esta temporada (entre Liga y Copa) al potente campeón de liga, el Barça de Van Gaal.
Brasil campeón del Mundo 2002, Japón como campeón de la Copa Asiática 2004 y el campeón de América del Norte en 2003, México. En cuartos de final el rival fue el poderoso FC Barcelona de Louis van Gaal, que partía como favorito ante la magnífica temporada que llevaba realizando en el año de su centenario. La primera edición fue disputada y ganada por un combinado de la ciudad de Barcelona frente a una selección de la ciudad de Londres en una competición que duró tres años y se le reconoció posteriormente al club catalán, y la segunda fue frente al Birmingham City Football Club en dos años de competencia. La temporada 1999/2000 arrancó con el título de la Supercopa de España frente al Barcelona y siguió con un meritorio 3.er puesto en la Liga por detrás de Deportivo de La Coruña y FC Barcelona, pero esta temporada quedará sobre todo en el recuerdo por la primera final de la Liga de Campeones disputada por el club valenciano.