Por Josefina ↑ Federación Aragonesa de Fútbol (ed.). En 2006 fue subcampeón de la Copa Federación de fútbol con Miguel Ángel Sola y Roberto Cabellud a su cargo técnico, cayendo derrotado en la final frente a la Unión Deportiva Puertollano. En lo deportivo, tras un complicado comienzo que dejó al Huesca antepenúltimo en la clasificación y le costó el puesto a Ángel Royo en la octava jornada, la llegada de Quique Hernández y la profunda reestructuración que sufre la plantilla durante el mercado invernal, en la cual se incorporan seis nuevos integrantes, permitió al cuadro oscense salir de la zona caliente pasados dos tercios de la temporada para terminar salvando la categoría con suficiencia. En la cuarta campaña de la entidad en la categoría del fútbol español, el monegrino Ángel Royo era anunciado nuevo entrenador, entrenador que debutaba en categoría profesional después de una dilatada experiencia en clubes regionales y haber ejercido como segundo de Onésimo Sánchez la temporada anterior. La vuelta a la Segunda B se inicia con el objetivo de volver esa misma temporada a la categoría perdida el año anterior, camiseta de futbol 2024 para lo cual se contrata al técnico aragonés Pablo Alfaro para hacerse cargo del equipo. Sandro, Gastón Silva, camiseta futbol 2024 Borja García o Pablo Mafeo.
Transcurridas las primeras cinco jornadas de la competición, habiendo sumado únicamente cuatro puntos, Pablo Alfaro es cesado y se contrata a David Amaral para tomar las riendas del equipo. El fracaso que supuso la no consecución del ascenso junto con la reducción del presupuesto supuso un cambio drástico en la plantilla, solo cinco jugadores continúan respecto a la anterior campaña, que se vio reforzada con varios jugadores procedentes de su equipo juvenil, subcampeón de su grupo en la anterior temporada. A ellos se irían uniendo varios jugadores más, entre los que destacaban el veterano delantero Moisés García León, el central italo-argentino Daniel Mustafa, el delantero brasileño Reinaldo o el defensa cedido por el Osasuna, Ion Echaide que llegaría para cumplir la primera de sus tres etapas en la Sociedad Deportiva. Al frente del banquillo Onésimo Sánchez vuelve al club después de tres años de la consecución del ascenso, una vez se confirma la marcha de Antonio Calderón al Albacete Balompié.
Onésimo Sánchez fue el elegido para reemplazarle y junto con Carlos Hugo García Bayón, certifica el ascenso del Huesca frente al Écija Balompié en la eliminatoria final a doble partido. El 14 de septiembre después de 3 partidos fuera, disputaría su primer partido en casa contra el Rayo Vallecano, el partido terminaría con victoria rayista por 0-1. Tras perder por 1-0 contra el Real Valladolid destituyen a Leo Franco como entrenador, el equipo marchaba último con 5 puntos de 24. El resto de la temporada el equipo circula en puestos de descenso teniendo opciones matemáticas de salvación hasta la jornada 36 que tras perder 2-6 contra Valencia CF el equipo desciende a Segunda División. La primera victoria no tardó mucho en llegar, se produjo en la tercera jornada, disputada en El Alcoraz frente a la S.D. Esta misma temporada el equipo se salvó del descenso a Tercera División en un dramático play-off de descenso ante el Castillo Club de Fútbol. Sin embargo, nada más empezar los noventa para la temporada 1990/91 vuelve a la Segunda División B, no por mucho tiempo ya que solo permanecería otra campaña más hasta un nuevo descenso a la Tercera División de España. Tras el ascenso histórico de la S. D. Huesca a la Primera División de España en el año 2018 se ha realizado un anteproyecto en el cual se aumentarán las localidades de 5500 a 7500. Entre sus mejoras destacan la ampliación de la Tribuna Norte, además de que se añadirá una cubierta a esta zona y se realizará un movimiento de las torres de iluminación del interior del campo al exterior de este.
El 20 de julio de 2020 se proclaman campeones de Segunda División de España tras ganar 0-1 al Real Sporting de Gijón. Los cuatro primeros clasificados de la Primera División acceden a participar en la fase de grupos de la máxima competición europea de la siguiente temporada: la Liga de Campeones. La confección de la plantilla con la que competiría un nuevo curso en la Liga Adelante se estrena con la renovación de Gilvan Gomes tras sus buenas actuaciones en la segunda vuelta del pasado campeonato y la de varios buques insignia del vestuario, Luis Helguera, Joaquín Sorribas y Sebastián Corona. En el aspecto deportivo, el club oscense comenzó la Liga Adelante en el siempre complicado Martínez Valero de Elche, dónde el club dirigido por Antonio Calderón se impuso por cero goles a dos a los locales, tantos conseguidos por dos de las nuevas incorporación para esta campaña, Mikel Rico y Borja Rubiato. El conjunto altoaragonés certificó su permanencia en la categoría de plata del fútbol español en la última jornada del campeonato en el partido que disputó en Balaídos contra el Celta de Vigo y que acabó con victoria oscense por cero goles a uno, obra de Mikel Rico.