Para ese año Santa Fe contrato a jugadores como Totogol Perazzo y Osvaldo Panzutto, ambos llegaban sin muchos pergaminos en sus carreras en el fútbol argentino, pero a pesar de ello lograron hacerse un lugar en aquel equipo de 1959, ambos finalizaron el torneo como figuras, Panzutto marco 30 goles quedando como segundo goleador del campeonato, y Perazzo fue reconocido por su excelente fútbol dentro de una plantilla que tuvo a Zipa González, Miguel Reznik, replicas camisetas futbol entre otros. La recaudación del traspaso de Antonio Mata al CD Tenerife sirve para evitar el descenso administrativo a Segunda División B a raíz de las denuncias interpuestas por dieciséis jugadores ante la AFE. Para intentar incrementar los ingresos del club, la directiva presidida por García Anaya logra firmar un contrato de publicidad con la empresa francesa de telecomunicaciones Alcatel. No escatimando gastos tal y como habían hecho las anteriores juntas directivas, el Málaga contrata al célebre ex-seleccionador Ladislao Kubala como técnico, y llegan veteranos jugadores de calidad y experiencia contrastada en Primera División como Juan Gómez «Juanito», Esteban Vigo, que regresaba al club tras una década de ausencia, Clemente Villaverde y Miguel Ángel Ruiz García. En los albores de la temporada 1987/88 llega a la presidencia del club el empresario Francisco García Anaya.
Se consagró campeón con el Club Bolívar del Torneo Apertura en el año 2009 y con el Oriente Petrolero del Torneo Clausura en el año 2010, ambos de la Primera División de Bolivia. Su cargo fue ocupado en los últimos partidos por el entrenador del filial, Pepe Sánchez, y para la siguiente temporada en Primera su sustituto sería el exentrenador del Real Zaragoza, Luis Costa. En su segundo choque, que tuvo lugar cuatro días más tarde del debut, empató a un gol frente a los alemanes. Se le atribuye frecuentemente la paternidad del concepto de los juegos entre los clubes América y Deportivo Guadalajara como partidos clásicos del fútbol mexicano, ya que, siendo entrenador del América, ganó tres partidos consecutivos a equipos de Guadalajara (Oro, Atlas y Guadalajara) por marcador de 2-0 en las tres ocasiones, por lo que declaró que «la nueva forma de marcar por teléfono a Guadalajara era dos-cero, dos-cero, dos-cero», con lo que despertó la antipatía de la gente de Guadalajara y creó así la rivalidad más importante del fútbol mexicano. En la tanda, tras el fallo de Raúl Procopio por el Cádiz, el Málaga acierta sus cuatro lanzamientos hasta que Antonio Mata erra el definitivo tras parada del exportero malaguista József Szendrei, que en la muerte súbita le detiene otro penalti a Emilio Pérez Rodríguez, privando al club de ascender a Primera División.
Para 1942 Santa Fe se enfrentaba a la Universidad Nacional por lo cual uso por primera vez definitiva el uniforme de camiseta roja y mangas y cuello blancos, por influencia inglesa. La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club. Con un elenco de destacados jugadores procedentes del Atlético Malagueño como Fernando Peralta, Popo, Canillas, Dany Mariscal, Recio, José, los hermanos Antonio y Manolo Hierro y los también hermanos Nacho y Juan Carlos Pérez Frías, el Málaga de Benítez realizó una gran temporada que le valió el ascenso a Primera División en 1982 como tercer clasificado, retornando a la máxima categoría dos años después con un equipo que, con la excepción de algunas incorporaciones como el argentino-alemán Regenhardt, heredaba de manera íntegra la base del equipo del ascenso. Listado con los primeros jugadores por número de goles en el Campeonato Venezolano. Comenzado el partido, nuevamente la sociedad estrella Sotil-Cubillas apareció para dar juego y goles al equipo aliancista logrando un resultado favorable final de 4-3. José Velásquez, Hugo Sotil y Teófilo Cubillas con un doblete fueron los anotadores del club blanquiazul.
En la temporada 1984/85, sin embargo, el resultado final no sería tan propicio para el club. Esta excelente primera vuelta sin embargo no tuvo continuidad en la segunda parte del campeonato, donde el equipo mostró un rendimiento inferior que le emplazó en una novena posición final que suponía una satisfactoria permanencia en la élite. En la temporada 1963-64, entrenado por Ferdinand Daučík, el equipo llegó a afrontar el tercio final del campeonato en sexta posición, aunque una serie de malos resultados en los últimos partidos hicieron que acabase en la duodécima posición. Para su sustitución el club tuvo que recurrir al veterano Jesús Manuel Sola Olivares, cancerbero del club atl de marbella que fue fichado ante la desgraciada situación. El conjunto español jugó con un equipo de suplentes, y con esta victoria Luis Aragonés igualó a Clemente como el seleccionador nacional con más victorias, con un total de 36. Además, «El Sabio de Hortaleza» lo logró en 51 partidos, por los 62 que necesitó el vasco. Además el club cuenta con equipos de cantera de todas las categorías, destacando el juvenil que milita en la Liga Nacional Juvenil. Los esfuerzos del club durante todo el año 1992 por acogerse al plan de saneamiento con el que la Liga Nacional de Fútbol Profesional pretendía salvaguardar a los clubes de fútbol españoles más endeudados habían sido inútiles.